《皇朝太医》第二集的故事紧接上回，太医张友士被卷入宫廷阴谋，处境愈发凶险。这一集的开头，张友士在太医院当值时，突然接到皇后身边的嬷嬷传话，说是皇后娘娘凤体欠安，要他即刻前去诊治。张友士心中疑惑，皇后素来由御医刘一手照料，怎会突然点名要他？但他不敢怠慢，连忙收拾药箱赶往坤宁宫。

  到了坤宁宫，张友士发现皇后脸色苍白，但脉象却并无大碍。他正暗自纳闷，皇后却屏退左右，低声对他说：“张太医，本宫今日召你前来，实有要事相托。”原来，皇后怀疑自己近日的饮食被人动了手脚，但苦于没有证据，又怕打草惊蛇，便想借张友士之手查明真相。张友士深知此事非同小可，稍有不慎便会引火烧身，但医者仁心，他最终还是答应暗中调查。

  与此同时，御医刘一手得知张友士被皇后召见，心中大为不安。他暗中派人盯紧张友士的一举一动，生怕自己的阴谋败露。原来，刘一手早已被权臣高俅收买，意图通过慢性毒药控制皇后，从而操纵朝政。张友士的出现，无疑成了他计划中的绊脚石。

  张友士回到太医院后，悄悄查阅了皇后近期的用药记录，发现其中几味药材的配比确实有异。他假借研习医术之名，向药房的老太监打听，得知这些药材都是刘一手亲自经手。正当他准备进一步调查时，突然遭遇蒙面人袭击，幸亏他身手敏捷，才侥幸逃脱。张友士意识到，自己已经被人盯上了。

  另一边，皇帝因连日操劳国事，龙体抱恙。刘一手趁机推荐自己的“独门秘方”，声称能药到病除。皇帝不疑有他，欣然接受。张友士得知后，心中警铃大作，他怀疑刘一手对皇帝也图谋不轨。但苦于没有证据，他只能暗中观察，寻找机会揭穿刘一手的阴谋。

  当晚，张友士偷偷潜入药房，想查看皇帝所用的药材。不料刘一手早有防备，差点将他当场抓获。危急关头，一名神秘黑衣人出手相助，张友士才得以脱身。黑衣人留下一句话：“太医若想活命，就别再插手此事。”张友士百思不得其解，这黑衣人究竟是敌是友？

  第二集的结尾，张友士决定铤而走险。他趁着夜色，再次潜入刘一手的书房，终于找到了他勾结高俅的密信。就在他准备离开时，刘一手突然出现，冷笑道：“张太医，既然你执意找死，那就别怪我不客气了！”一场生死对决在所难免……