《皇朝太医》第三集的故事紧接上回，太医张友士因救治太子有功，被皇上赏赐黄金百两，一时间风光无限。然而，这份荣耀却引来了太医院其他同僚的嫉妒，尤其是副院使刘瑾，他暗中盘算着如何打压张友士。这一集的开头，刘瑾便假意设宴，邀请张友士赴会，实则想借机试探他的底细。

  宴席上，刘瑾故意提起太医院近日接到的疑难病例——一位王爷的世子突发怪病，浑身长满红疹，高烧不退。太医院众太医束手无策，刘瑾便顺势将难题抛给张友士，言语间带着挑衅。张友士心知肚明，但为了病人，他毫不犹豫地接下任务，承诺三日内找出病因。

  回到家中，张友士翻遍医书，却始终找不到类似病例的记载。他的徒弟小顺子见他愁眉不展，便提议去民间寻访名医。两人微服出宫，在京城一家小药铺里遇到一位古怪的老郎中。老郎中听完症状后，若有所思，最终从一本破旧的古籍中翻出一页，指出世子可能中了“西域奇毒”。

  张友士恍然大悟，急忙回宫配制解药。然而，刘瑾早已派人盯梢，得知他去了民间药铺，便向皇上进谗言，说张友士私自出宫，勾结外人，意图不轨。皇上半信半疑，命人暗中调查。与此同时，张友士的解药初见成效，世子的病情有所好转。

  就在张友士以为危机解除时，世子突然病情恶化，陷入昏迷。刘瑾趁机煽风点火，指责张友士用药不当，险些害死世子。皇上大怒，下令将张友士关入大牢，等候发落。小顺子心急如焚，再次找到老郎中，这才得知解药需配合特殊针灸之法才能彻底解毒。

  时间紧迫，小顺子冒险潜入大牢，将真相告知张友士。张友士恳求狱卒通融，让他再见世子一面。狱卒被他的医者仁心打动，偷偷放他出牢。张友士连夜为世子施针，终于将他从鬼门关拉了回来。皇上得知真相后，深感愧疚，当众嘉奖张友士，并严惩了刘瑾。

  这一集的结尾，张友士虽洗脱冤屈，但也意识到宫廷斗争的险恶。他站在太医院的庭院中，望着高墙外的天空，心中暗下决心：无论前路多难，都要坚守医者本心，救死扶伤。而小顺子则在一旁默默支持，师徒二人的情谊也更加深厚。