《皇朝太医》的故事继续围绕着太医们的宫廷斗争和情感纠葛展开。这一集里，太医张仲景因为之前揭发了太医院内部的腐败，遭到了以李太医为首的敌对势力的排挤。李太医为了报复，故意在皇帝面前挑拨离间，暗示张仲景医术不精，甚至可能对皇帝的健康不利。皇帝虽然对张仲景有所怀疑，但碍于他之前的功劳，暂时没有采取行动。

  与此同时，张仲景的徒弟小林子察觉到了师父的处境危险，主动提出要帮他调查李太医的底细。小林子暗中跟踪李太医，发现他经常在深夜与一些神秘人物会面，似乎在策划什么阴谋。小林子将这一情况告诉了张仲景，师徒二人决定联手揭开李太医的真面目。

  另一边，宫女小翠因为之前得到张仲景的帮助，对他心怀感激。她偶然听到李太医和其他太医的对话，得知他们计划在皇帝的药中下毒，然后嫁祸给张仲景。小翠心急如焚，冒着生命危险偷偷找到张仲景，将这一消息告诉了他。张仲景听后大为震惊，意识到事情的严重性，决定立即采取行动。

  为了阻止李太医的阴谋，张仲景连夜潜入太医院的药房，找到了那包被动了手脚的药。他用自己的医术重新配制了一副安全的药，替换了原来的毒药。第二天，皇帝服下药后安然无恙，李太医的阴谋未能得逞。但李太医并不死心，他怀疑有人走漏了风声，开始暗中调查是谁泄露了计划。

  就在局势紧张之际，张仲景的妻子王氏因为担心丈夫的安危，从家乡赶到京城。她劝张仲景暂时离开太医院，避一避风头。但张仲景拒绝了妻子的建议，表示自己不能在这个时候退缩，否则会让李太医的阴谋得逞。王氏见丈夫态度坚决，只好留下来支持他。

  这一集的最后，李太医发现了小林子的调查行动，派人将他抓了起来，严刑拷打，逼问张仲景的计划。小林子宁死不屈，没有透露半点信息。张仲景得知徒弟被抓，心急如焚，决定亲自去救他。剧情在这里戛然而止，留下了悬念，观众不禁为张仲景和小林子的命运捏了一把汗。