《康熙微服私访记3》的故事，从一场离奇的命案开始。这天，康熙皇帝依旧化装成普通百姓，带着三德子、法印和小桃红在民间私访。他们路过一个小镇，发现镇上的百姓个个神色慌张，一问才知，镇上的富商赵老爷突然暴毙，死因蹊跷，官府却草草结案，说是突发疾病。百姓们私下议论，觉得赵老爷死得不明不白，但谁也不敢多言。

  康熙觉得此事有古怪，决定暗中调查。他让三德子假扮成算命先生，在镇上摆摊，打听消息。很快，三德子从一位老妇人口中得知，赵老爷死前曾与人发生争执，对方是当地恶霸钱虎。这钱虎仗着与官府勾结，横行乡里，百姓们敢怒不敢言。康熙听后，心中已有计较，决定会一会这个钱虎。

  当晚，康熙带着法印潜入钱虎的宅院，果然发现他与县太爷密谋分赃的罪证。原来，赵老爷因为不肯将祖传的田地低价卖给钱虎，惹来杀身之祸。钱虎买通县太爷，用毒药害死了赵老爷，还伪造了现场。康熙大怒，决定替天行道，惩治这帮恶人。

  第二天，康熙亮明身份，升堂审案。钱虎和县太爷起初还想抵赖，但在铁证面前，终于认罪伏法。百姓们见青天大老爷为民做主，纷纷跪地谢恩。康熙借此机会，整顿了当地吏治，还百姓一个公道。临行前，他叮嘱新任县官要清廉爱民，绝不可欺压百姓。

  这一集的故事，展现了康熙皇帝体恤民情、惩恶扬善的一面。他微服私访，不仅是为了了解民间疾苦，更是为了亲手铲除那些祸害百姓的蛀虫。故事的最后，康熙带着随从继续踏上私访之路，而小镇的百姓则迎来了久违的安宁。