《康熙微服私访记3》的故事继续围绕康熙皇帝（张国立饰）微服出巡的冒险展开。这一集中，康熙化名“黄三爷”，带着三德子、法印和小桃红一行人来到一个小镇，发现当地百姓正被一群恶霸欺压，日子过得苦不堪言。镇上有个叫李老汉的老人家，因为交不起恶霸强收的“保护费”，被逼得走投无路，甚至想卖女儿抵债。康熙见状，心中愤慨，决定插手此事。

  为了摸清恶霸的底细，康熙让三德子假扮成商人去和他们打交道。三德子机灵过人，很快就和恶霸头子赵虎称兄道弟，套出了他们的恶行。原来，赵虎背后还有官府的人撑腰，所以才敢如此嚣张。康熙得知后，决定不仅要惩治恶霸，还要揪出背后的贪官，还百姓一个公道。

  与此同时，小桃红和李老汉的女儿小翠成了好朋友。小翠心地善良，但因为家里的困境整日愁眉不展。小桃红安慰她，并悄悄告诉她“黄三爷”是个大人物，一定能帮她们解决问题。小翠半信半疑，但还是燃起了一丝希望。

  康熙设计引赵虎上钩，假装要和他做一笔大买卖。赵虎贪财，果然中计，带着手下人来到约定的地点。谁知一进门就被埋伏的官兵团团围住。原来，康熙早已暗中联系了当地的清廉官员，布下天罗地网。赵虎还想反抗，但看到康熙亮出真实身份后，顿时吓得瘫软在地，连连求饶。

  事情还没完，康熙顺藤摸瓜，查出了背后勾结恶霸的知县。那知县见事情败露，还想狡辩，但在铁证面前无从抵赖，最终被革职查办。百姓们得知恶霸和贪官都被惩治，纷纷跪地叩谢康熙的恩德。李老汉一家更是感激涕零，小翠也终于露出了久违的笑容。

  这一集的结尾，康熙看着欢天喜地的百姓，心中感慨万千。他对三德子等人说：“为君者，若不能为民除害，纵有江山万里，又有何意义？”一行人继续踏上旅程，而小镇也恢复了往日的宁静与祥和。