《康熙微服私访记3》的故事，导演张国立用轻松幽默的笔触，描绘了康熙皇帝又一次化身平民深入民间的经历。这一集里，康熙带着宜妃、三德子和法印，一行人来到江南小镇，本想体察民情，却意外卷入了一场离奇的案件。

  小镇上最近怪事连连，不少百姓家的女儿接连失踪，闹得人心惶惶。康熙一行人刚住进客栈，就听到老板娘哭诉自家闺女昨夜也不见了踪影。康熙眉头一皱，觉得事情不简单，决定暗中调查。他换上粗布衣裳，假扮成卖货郎，走街串巷打听消息。

  宜妃则扮成村妇，和三德子一起在茶楼里听闲话。有个醉醺醺的汉子说漏了嘴，提到镇上的富商赵老爷最近总在半夜鬼鬼祟祟运东西。法印悄悄跟踪，发现赵家后院竟藏着一条密道，直通城外荒山。夜里，康熙带人摸进密道，发现山里藏着一座隐蔽的宅院，里头关着许多被掳走的姑娘。

  原来赵老爷表面做丝绸生意，暗地里却勾结官府拐卖女子，卖到外省牟利。康熙怒不可遏，亮明身份当场拿下赵老爷。谁知县官带兵赶来，非但不抓人，反而要拿康熙问罪——原来他们是一伙的！危急关头，法印放出信号弹，暗中保护的侍卫们冲出来护驾，这才平息了乱局。

  案子了结后，康熙严惩了贪官恶商，还亲自送被拐的姑娘们回家。镇上百姓跪地谢恩，康熙却摆手笑道：“朕不过是做了分内事。”这一集结尾，夕阳下主仆四人继续赶路，宜妃打趣道：“皇上，下次咱们能不能去个没案子的地方？”众人哈哈大笑，背影渐渐消失在江南烟雨中。