《康熙微服私访记3》的故事，要从一场离奇的命案说起。这天，康熙皇帝依旧带着宜妃、三德子和小桃红微服私访，一行人来到一个看似平静的小镇。镇上却人心惶惶，原来最近接连有人莫名暴毙，死状诡异，官府查不出原因，百姓们更是传言有厉鬼索命。

  康熙觉得事有蹊跷，决定暗中调查。他们扮作过路商人住进一家客栈，很快发现客栈老板神色慌张，对命案讳莫如深。夜里，三德子偷偷跟踪老板，竟看到他鬼鬼祟祟地往井里倒东西。康熙怀疑井水被下毒，便让宜妃假装生病，请来郎中验水，果然发现水中掺了慢性毒药。

  顺着这条线索，康熙查到镇上有个恶霸勾结官府垄断了药材生意，故意在井中下毒，再高价售卖解药牟利。那些没钱买药的穷人，只能等死。康熙怒不可遏，正想出手整治，却发现自己也中了毒，浑身无力。原来恶霸早就察觉他们身份不一般，先下手为强。

  危急关头，小桃红机灵地溜出去找救兵，三德子则拼死护主，和恶霸的手下周旋。宜妃用银针暂时压制住康熙体内的毒性，但撑不了多久。就在恶霸得意洋洋准备对康熙下杀手时，当地驻军突然赶到——原来小桃红拿着康熙的贴身玉佩搬来了救兵。

  恶霸和贪官伏法，康熙命人免费发放解药救治百姓。临行前，他看着恢复生机的镇子感慨道："天下之大，竟有人为钱财视人命如草芥。若朕不多走走，怎知百姓疾苦？"一行人再度启程，新的故事又在路上等着他们。