《心动千年》的故事继续围绕着主角们的穿越奇遇展开。这一集里，苏婉和秦明终于找到了回到现代的方法，但代价是必须放弃在古代积累的一切情感与记忆。两人站在时空之门前，内心充满矛盾。苏婉望着秦明，眼泪在眼眶里打转，她舍不得这段跨越千年的缘分，更舍不得眼前这个为她付出一切的男人。

  另一边，古代皇子李承鄞得知两人即将离开，暗中设下陷阱，企图阻止他们回到现代。他早已对苏婉心生爱慕，更不甘心秦明带走她。李承鄞派出手下埋伏在时空之门附近，准备在最后关头出手阻拦。然而，他的计划被苏婉的贴身丫鬟小桃发现，小桃冒着生命危险赶到苏婉身边报信。

  苏婉和秦明得知李承鄞的阴谋后，决定提前行动。他们连夜赶往时空之门，却在半路遭遇伏击。秦明为了保护苏婉，独自引开追兵，两人被迫分开。苏婉心急如焚，却不得不继续向前，她知道只有回到现代才能彻底摆脱李承鄞的纠缠。然而，当她终于抵达时空之门前，却犹豫了——她无法想象没有秦明的未来。

  就在此时，秦明浑身是伤地赶了过来。他拼尽全力摆脱追兵，只为再见苏婉一面。两人相拥而泣，秦明告诉她，无论选择留下还是离开，他都会陪在她身边。苏婉终于下定决心，她拉着秦明的手，毅然踏入时空之门。然而，就在光芒笼罩他们的瞬间，李承鄞突然出现，一剑刺向秦明……

  画面一转，苏婉在现代的医院中醒来。她发现自己躺在病床上，身边是焦急的家人和朋友。所有人都说她昏迷了整整一个月，但她却对这段穿越千年的经历记忆犹新。她疯狂地寻找秦明的踪迹，却被告知从未有过这个人。就在她即将崩溃时，一位陌生男子出现在病房门口——他长得和秦明一模一样，却自称是她的主治医生……