《心动千年》的故事继续围绕着主角们的感情纠葛和命运转折展开。这一集的开头，苏婉清和秦墨在经历了前几集的误会后，终于有机会坐下来好好谈一谈。夜色下的庭院里，月光洒在两人身上，苏婉清眼眶微红，低声问道：“你真的觉得我对你的感情是假的吗？”秦墨沉默片刻，终于叹了口气，承认自己之前是被嫉妒冲昏了头脑。两人的心结渐渐解开，但命运的齿轮却不会因此停下。

  与此同时，反派角色赵无涯正在暗中策划一场更大的阴谋。他利用手中的权力，调集了一批死士，准备在三天后的祭天大典上对秦墨下手。赵无涯的野心不仅限于除掉秦墨，他还想借此机会掌控整个朝廷。他的计划被苏婉清的贴身丫鬟小翠无意中听到，小翠吓得魂飞魄散，连夜跑去向苏婉清报信。

  苏婉清得知消息后心急如焚，她知道秦墨虽然武功高强，但面对赵无涯的暗算，恐怕也难以全身而退。她决定亲自去找秦墨，提醒他小心提防。然而，就在她赶往秦墨府邸的路上，却被赵无涯的手下拦住了。对方冷笑着告诉她：“苏小姐，聪明人应该知道什么该说，什么不该说。”苏婉清被软禁在一间偏僻的屋子里，无法传递消息。

  另一边，秦墨察觉到苏婉清突然失去联系，心中隐隐感到不安。他派出手下四处寻找，却一无所获。就在他焦头烂额之际，小翠冒险逃出赵府，找到了秦墨。她哭着将赵无涯的计划一五一十地告诉了他。秦墨听完，脸色瞬间阴沉下来，他握紧拳头，发誓一定要救出苏婉清，同时粉碎赵无涯的阴谋。

  祭天大典当天，赵无涯自以为胜券在握，却不知秦墨早已布下天罗地网。当死士们冲出来时，埋伏在四周的秦墨手下迅速将他们制服。赵无涯见势不妙，想要逃跑，却被秦墨拦住了去路。两人展开了一场激烈的对决，最终秦墨以一招险胜，将赵无涯生擒。朝廷的危机就此解除，但秦墨的心却依然悬着——苏婉清还在赵无涯的手中。

  经过一番审问，赵无涯终于松口，说出了苏婉清被关押的地点。秦墨不顾身上的伤势，立刻带人赶去营救。当他推开那扇紧闭的房门时，看到苏婉清憔悴的面容，心疼得几乎说不出话来。苏婉清见到他，眼泪瞬间夺眶而出，两人紧紧相拥，仿佛要把所有的思念和担忧都倾诉在这一刻。

  故事的最后，夕阳的余晖洒在两人身上，秦墨轻声对苏婉清说：“以后无论发生什么，我都不会再让你离开我的视线。”苏婉清靠在他的肩头，露出了久违的笑容。然而，远处的天空却隐约传来雷声，仿佛预示着更大的风暴即将来临……