《心动千年》的故事，从一场突如其来的误会开始。这天，女主角苏婉正在古董店里整理新到的文物，突然接到一个神秘电话，对方声称知道她一直在寻找的千年玉佩的下落。苏婉又惊又喜，但电话那头的人却不肯透露更多信息，只约她晚上在城郊的古庙见面。

  苏婉犹豫再三，最终还是决定赴约。她隐约觉得这事可能与她的前世记忆有关。自从她发现自己能梦见千年前的场景后，就一直被这段记忆困扰。梦里，她是一位名叫“月华”的公主，而那块玉佩是她与心上人的定情信物。可每次梦醒，她都记不清那个男人的脸。

  晚上，苏婉独自来到古庙。月光下，庙宇显得格外阴森。她刚走进院子，就听到身后传来脚步声。回头一看，竟是她的同事兼好友林远。林远一脸焦急，说他是跟踪她来的，担心她出事。原来，林远早就注意到苏婉最近行为反常，特意跟过来保护她。

  两人正说着话，突然从暗处走出一个蒙面人。那人冷笑一声，掏出一把匕首，直逼苏婉。千钧一发之际，林远冲上去挡在她前面，却被匕首划伤了手臂。蒙面人见状，丢下一句“玉佩不属于你”便逃走了。苏婉赶紧帮林远包扎伤口，心里既感动又疑惑：为什么有人要抢玉佩？

  回到家后，苏婉翻出祖传的日记本，发现里面记载着关于玉佩的线索。原来，这块玉佩是开启某个古老秘境的钥匙，而秘境中藏有能改变命运的力量。与此同时，林远的伤口竟奇迹般地愈合了，连医生都感到不可思议。苏婉开始怀疑，林远是否与她梦中的那个男人有关。

  第二天，苏婉试探性地问林远是否做过奇怪的梦。林远沉默片刻，终于坦白：他也经常梦见自己是一个古代将军，守护着一位公主。两人对视一眼，瞬间明白了彼此的心意。原来，他们的缘分跨越了千年，今生注定要再续前缘。

  然而，危机并未解除。那个蒙面人再次出现，这次还带了帮手。他们绑架了苏婉，威胁林远交出玉佩。林远为了救她，不得不答应。但在交易过程中，苏婉趁机夺回玉佩，拉着林远逃进了古庙的密室。密室里，他们发现了一幅壁画，上面画的正是千年前的月华公主和将军。

  就在敌人追来的瞬间，玉佩突然发出耀眼的光芒。苏婉和林远被卷入一个时空漩涡，回到了千年前的战场。他们终于记起了一切：当年，将军为保护公主而死，公主用玉佩许下心愿，希望来世再相见。如今，他们终于找回了彼此。

  故事的结尾，苏婉和林远在现代苏醒，发现敌人早已不见踪影。他们紧紧相拥，决定珍惜这来之不易的缘分。而那枚玉佩，也完成了它的使命，化作一缕青烟消散在空气中。从此，两人过上了平静而幸福的生活，只留下那段千年的传说，在风中轻轻诉说。